1、晶洞、晶簇凈化法（經典法）： 
　　把水晶放于天然水晶簇上或水晶洞內，就可以達到到相當棒的凈化效果。水晶在經過一整天的佩帶之后，回家時就將他收納在晶洞內或晶簇上，其晶洞或晶簇所散發出來的振動能量（持續且穩定），可以有效的清除水晶內的負性能量，並且重新充電，效果可以好到不得了喔。而晶洞跟晶簇是體積越大的效果越強，但也不要在同一個晶洞或晶簇內擺上好幾十條的水晶，凈化效果會打折扣。 
　　2、日光照射法   
　　把水晶放置于陽光下曬數小時，讓大自然最強大的力量幫您的水晶凈化。但千萬要記住，此方法不適用于紫水晶、黃水晶或粉晶等等的有色寶石，因為這些水晶都內含Fe（鐵）、Cu（銅）等其他元素，長時間曝曬會導致氧化或因高溫也易改變水晶內之分子結構而退色。 
　　3、低溫凈化法   
　　水晶是屬于高密度的寶石，而且里面通常都會存在冰裂，經過冰柜的零下溫度后，水晶會變得異常脆弱，尤其是墜子大部分都有像K金、銀飾等等的水晶墜子，因為礦石和金屬的延展性不同，可能經過溫差的變化造成穿洞結合的部分會松動，另外就是水晶放在冰柜一晚之后，千萬不要想說馬上戴就直接沖水，如果您馬上這樣做，水晶會裂。所以，使用此方法一定要讓它慢慢的自然解溫。放進冰柜之前，先用保險密封袋或保險膜把水晶密封好（防止其它食物的異味沾上水晶），放水晶于冰箱、雪柜內一晚就可以達到凈化效果。  
　　4、香熏凈化法  
　　將水晶放于香熏爐旁，點燃香熏精油（記得要用存的精油，不能使用添加化學物質的精油）也可以達到凈化效果。  
　　5、海鹽凈化法  
　　將水晶放在盛滿海鹽水的容器內，透過未經加工過的粗鹽（純天然海鹽）所散發出來的海洋凈化效果，可以有效的凈化水晶，時間多久不限，大部分是一晚后24小時都可以，浸泡后將水晶沖洗干凈，放在陽光或陰涼處讓它自然風干就可。但這種方法不能適用有其它裝飾物的水晶，例如包上K金、銀飾的墜子，或有中國結的繩類配件，因為配件會受到侵蝕，改天戴在身上忽然掉下來就慘了。  
　　6、念力凈化法  
　　水晶如果通過大師或師父的加持也可以達到凈化的效果（如果本身是有在長期修煉的朋友那里就更好了）。如果您本身的水晶是親手交給大師凈化加持那可就是相當的福氣。自己在有空的時候拿著自己心愛的水晶念念大悲咒或心經，其效果真的是好得不得了，不管是水晶的平衡能量或自己的修為都是最上選，并且有個相當好的好處是，其水晶的頻率和自身的頻率完全歸納統一喔。 
　　7、溪水凈化法 
　　把水晶帶到沒有污染的溪流清洗，水晶可受大自然的正能量凈化。但一定要在溪流中用流動的溪水凈化，不可把溪水帶回家中清洗水晶喔，那就沒有意義了。 
　　8、活水清洗法  
　　 打開自己家的水龍頭（用凈水器的效果比較好），將水晶放在小盤子內，沖洗自己的水晶約十分鐘，沖洗后一樣放在陽光或陰涼處自然風干，這樣也有凈化效果。  
　　9、大地掩埋法 
　　大地掩埋法是力量強大的方法之一，例如家里有生病的人佩帶過的水晶，建議使用大地掩埋法，畢竟水晶是從從大地孕育而生的，讓水晶回到原來的地方其凈化效果是最好的，但是千萬記得要未受污染的土地才行，時間有限，建議超過一個月的時間會比較好一點。此種方法有風險，就是可能自己忘記埋在哪里而找不到，或者跟別人結緣去了，那就心疼了。 
　　10、廟宇過香法 
　　去廟宇的時候，將水晶帶到廟宇里凈化，建議是人氣鼎盛的大廟或者知道自己的主神其供奉的廟宇最好。水晶可以在其中感受法力加持，煙香渺渺，並且充滿好的善意及意念，整個空間亦充滿著正面積極向善的磁場。其方法是在拜拜的同時，將水晶跟香同拿于手中，說出自己的祈福愿望，并且記得說出讓自己手上的水晶可以得到神明的加持及庇祐，在拜完之后，在神明的香爐上面，左三圈，右三圈，然后雙掌合并將水晶置于掌中，誠心的感謝神明的保護及加持，整個凈化的過程就算完畢。此種方法統一適用于家里所祭拜的神明，也有同樣的效果。 
　　11、教堂祈福法   
　　因為宗教的不同，也可以使用不同的凈化方法。原則上只要是您誠心信仰的宗教，基本上都有其凈化幫助的的效果。天主教和基督教的朋友，可以將水晶帶往教堂，讓神及主的強大念力幫您淨化及祈福，如果可以的話舀點神水沖洗自己的水晶也是相當棒的凈化力量，另外如做禮拜時的福音歌頌或者祈禱，也有同樣的功用。 
　　12、音樂凈化法  
　　如果可以的話，將水晶放在充滿平和及正面的音樂空間里，因為音樂跟顏色一樣，都會帶來不同的磁場及頻率，建議如佛教音樂，西方教義的福音歌頌，大自然的水晶音樂等等，都可以讓水晶得到充電及凈化的效果。 
　　不管是哪種凈化方法，在您戴上水晶的那一刻，就必須完全信賴您的水晶，常常跟他講話，並且信任他，水晶就會釋放出比平常還有強大的力量來幫助你。因為本身在加強信念的同時，身體會自動釋放出比平常更強大的靜電及能量，水晶在感受您的磁場后會啟動比平常更大的能量來回饋在您的身上，讓您心想事成。